Mokykla–darželis ,,Rugelis“ vykdo net trijų pakopų programas: ikimokyklinio, priešmokyklinio  ir pradinio ugdymo. Programų perimamumas ir tęstinumas toje pačioje įstaigoje lemia tėvų apsisprendimą parenkant ugdymo įstaigą savo vaikui. Įstaigoje nuo 1999 m. vykdomos įvairios sveikos gyvensenos programos. Nuo I klasės vaikai yra vežiojami į baseiną, kur kvalifikuoti plaukimo treneriai veda kūno kultūros pamokas, kurių metu vaikai išmoksta plaukti, grūdinasi, stiprina savo sveikatą. Įstaigoje gilios meninio ugdymo tradicijos: vaikai koncertuoja savo tėveliams, svečiams, su meninėmis programėlėmis vyksta į kitas įstaigas, dalyvauja įvairiose parodose.

Atsižvelgiant į tėvų pageidavimus ir lūkesčius vaiko atžvilgiu, mokykla – darželis ,,Rugelis” renkasi sveikos gyvensenos ir meninio ugdymo kryptis, kurios tenkintų svarbiausius vaiko poreikius (judėjimo, fizinio ir psichologinio saugumo, bendravimo, pažinimo, saviraiškos), puoselėtų jo individualumą, iniciatyvumą, kūrybiškumą. Įstaigoje tam sudarytos sąlygos: yra muzikos salė, logopedinis kabinetas, veikia biblioteka, kurioje vaikai ir pedagogai gali naudotis kompiuteriais.

Priešmokyklinis ugdymas organizuojamas pagal Bendrąją priešmokyklinio ugdymo ir ugdymosi programą, patvirtintą Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministro 2002 m. birželio 24d. įsakymu Nr.1147 (Žin., 2003, Nr. 5-214) ir Priešmokyklinio ugdymo standartą, patvirtintą Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministro 2003 m. liepos 9 d. įsakymu Nr. ISAK – 1015 (Žin., 2003, Nr. 77-3525).

Pradinis ugdymas organizuojamas pagal Pradinio ugdymo sampratą, patvirtintą Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministro 2003 m. vasario 3 d. įsakymu Nr. 113 (Žin., 2003, Nr. 18-798).